Es necesario hacer mención de los  acontecimientos históricos que propiciaron la formación de este  Instituto. 
Para comenzar  vamos a remontarnos al año de 1537 en el cual el Obispo fray Juan de Zumárraga solicita al Rey Carlos V una universidad en México con el objeto de estudiar principalmente las artes y la teología. Diez años mas tarde Felipe II determina la creación de la Universidad en la Ciudad de México y se le asignan rentas para su sustento, sin embargo ésta fue inaugurada el 25 de enero de 1551 por el Virrey Luis de Velasco con el nombre de Real Universidad de México. Cabe señalar que pasaron cerca de 100 años para que se fundarala primera cátedra de matemáticas (1631). Más adelante, en 1672 se adjudica a Don Carlos de Siguenza y Gongora la cátedra de astrología y de matemáticas. 
En 1763 el  rey Carlos III ordena el establecimiento del Real Seminario de Minas, inaugurándose en 1792 y en el cual se enseña física y matemáticas a la Newton (100 años después de su época)
Para el año  1833 el vicepresidente Valentín Gómez Farias decreta la supresión de la Universidad por inútil, irreformable y perniciosa estableciéndose la Dirección General de Instrucción Publica para el Distrito Federal y territorios de la federación cuya intención es arrebatarle al clero el control de la educación. Se crean seis establecimientos educativos; de estudios preparatorios, estudios ideológicos y humanidades, ciencias físico-matemáticas, ciencias médicas, de jurisprudencia y ciencias eclesiásticas. Sin embargo, en 1834 el presidente Santa Anna decreta la suspensión de los establecimientos educativos fundados por Valentín Gómez Farías. Revoca el decreto de supresión de la universidad y la restablece. 
Años mas  adelante con los constantes cambios de poder y las guerras de invasión que sufrió nuestro país la Universidad es cerrada en varias ocasiones hasta que en 1867 el gobierno del Presidente Juárez promulga la ley orgánica de instrucción publica en el Distrito Federal que organiza la educación con base a la filosofía positivista. Se crea la Escuela Nacional Preparatoria y distribuye la educación superior en diversas escuelas de estudios profesionales. El Real Seminario de Minas se transforma en la Escuela Nacional de Ingenieros. 
1910El año de 1910 es el año clave ya que en este año se funda la Universidad Nacional de México por iniciativa de Don Justo Sierra y se crea la Escuela Nacional de Altos Estudios, dedicada preferentemente a las actividades humanísticas, aunque más adelante, se crearon las Secciones de Física y de Matemáticas . Sin embargo, dichas secciones no contaban con una organización ni planes de estudios adecuados por lo que sólo se impartían cursos aislados de Física y Matemáticas. Por ejemplo en el área de Física se impartían dos cursos; uno teórico dictado por el Ing. Valentín Gama y el otro práctico impartido por el Ing. Joaquín Gallo. Dichos cursos tenían un propósito de difusión cultural.
Ya para los  años de 1912 Don Sotero Prieto imparte cursos avanzados de matemáticas  (Funciones analíticas).
En 1924, bajo  el rectorado de Ezequiel Chavez la Escuela Nacional de Altos Estudios  cambia su nombre por el de Facultad de Filosofía y Letras que sigue su  trayectoria humanística y deja de lado los estudios científicos. 
Para 1928  surge la propuesta de establecer en la Facultad de Filosofía y Letras  carreras regulares para la formación de maestros e investigadores de  ciencia. Al año siguiente se crea dentro de la facultad la sección de  ciencias que ofrecían el grado de Maestro y Doctor en Ciencias Exactas  Físicas y Biológicas. Sin embargo, hasta fines de 1933 solamente se  habían impartido cursos de física y matemáticas por Don Alfonso Nápoles  Gándara, (quien había recibido una beca para estudiar en el MIT),  Mariano Hernández y Alfredo Baños. 
Un antecedente  muy importante que debe señalarse es la organización por Don Sotero  Prieto y Don Alfonso Nápoles Gándara de un seminario llevado a cabo los  viernes para hablar de Física y Matemáticas, dicho seminario continúa  hasta nuestros días con el nombre de Manuel Sandoval Vallarta en honor  de Don Manuel Sandoval Vallarta que en ese tiempo trabajaba en el MIT y  que en el verano llegaba a hablar en dicha reunión. 
 Don Manuel  tuvo un gran impacto en los jóvenes que acudían a dichas reuniones ya  que el simple hecho de que él mismo fuera, un investigador joven que  realizaba investigación original, motivó a varios jóvenes a seguir el  camino de las ciencias. De esta generación de jóvenes tenemos a Nabor  Carrillo, Alberto Barajas y Carlos Graef que se convirtieron a su vez en  activos promotores de las nuevas generaciones de científicos mexicanos. 
Manuel Gómez Morín impulsa la ciencia.
Con la llegada  del Lic. Manuel Gómez Morín a la rectoría en 1933 se da un impulso a la  ciencia, junto con la ayuda del Ingeniero Ricardo Mónges López  reorganiza los estudios científicos y técnicos dentro de la Universidad,  dando como resultado la creación de las jefaturas de grupo (1934) en  cuatro ramas de la ciencia: matemáticas dirigida por Don Sotero Prieto,  física dirigida por Basilio Romo, biología dirigida por Isaac  Ochotorena, química dirigida por Francisco Lisci e ingeniería dirigida  por el propio Monges López. Las jefaturas de grupo tenían a su cargo la  impartición de cátedras en el área de ciencias dentro de toda la  Universidad. Para darle unidad y continuidad a los estudios de ciencias  Gómez Morín reorganiza la Universidad y da vida a a dos facultades: la  de Ciencias Físicas y Matemáticas (que agrupa a las Escuelas de  Ingeniería, Química y las Secciones de Física y Matemáticas) y la de  Ciencias Médicas-Biológicas que reúne a las Escuelas de Medicina,  Odontología y al Departamento de Biología. 
Un año más  adelante se da otra reforma universitaria que desbarata la organización  anterior permitiendo que las escuelas se independizaran. El Departamento  de Biología regreso a la Facultad de Filosofía y Letras y los  Departamentos de Física y Matemáticas siguen independientes y bajo la  dirección del Ing. Monges López. 
Ya para el año  de 1935 el Departamento de Física y Matemáticas imparte dos carreras,  Física y Matemáticas con el grado académico de Maestro en Ciencias. Un  año mas adelante Ricardo Monges López promueve la Escuela de Ciencias  Físicas y Matemáticas. Dentro de los primeros estudiantes de esta  escuela podemos mencionar a Roberto Vásquez, Agustín Anfossi y a  FernandoAlba. 
1938 es el año  en que se funda el Instituto de Ciencias Físicas y Matemáticas a  instancias de Don Ricardo Monges López y con sede en el Palacio de  Minería. Su director era el Ing. Alfredo Baños que regresaba de obtener  el grado de Doctor en Física en el MIT bajo la dirección del Dr.  Sandoval Vallarta. 
Para el año de  1939, Alfredo Baños, Antonio Caso, Isaac Ochotorena y Ricardo Monges  López promueven la creación de la Facultad de Ciencias más la creación  del Colegio de Biología y de Institutos asociados a cada departamento de  la Facultad. 
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